هر فرآورده به موازات اثرات درمانی ممکن است باعث بروز بعضی عوارض ناخواسته نیز شود. اگر چه همه این عوارض در یک فرد دیده نمی شود، در صورت بروز عوارض زیر با پزشک یا داروساز مشورت نمایید. در مواردی واکنشهای آلرژیک با مصرف فرآورده دیده شده است.
داروهای نئومایسین، آمینوسالیسیلیک اسید، آنتاگونیستهای گیرنده H2 هیستامینی، قرص های ضد بارداری، امپرازول، کلشی سین و کنتراسپتیو های خوراکی جذب ویتامین ب12 را کاهش می دهد لذا بایستی با فاصله زمانی مناسب از همدیگر استفاده گردند. کلرامفنیکل موجب کاهش اثر ویتامین ب12 می گردد
بهترین زمان مصرف این مکمل همراه وعده غذایی است . چون باعث افزایش سطح انرژی می شود بهتر است با وعده صبحانه یا ناهار مصرف شود.
ویتامین ب 12 یک ویتامین محلول در آب می باشد، بنابراین هم از جفت عبور می کند و هم وارد شیر مادر می گردد ولی این موضوع برای جنین یا نوزاد مشکل ساز نخواهد بود. نیاز روزانه به ویتامین B12 در خانم های باردار و شیرده بیش از افراد عادی می باشد. بنابراین می توان تحت نظر پزشک معالج از مکمل های حاوی ویتامین ب 12 استفاده نمود.